甲午戰(zhàn)爭后，經(jīng)元善也考慮創(chuàng)辦中國人自己的第一所女校。

　　然而，經(jīng)元善要辦女校的消息一傳開，社會(huì)各界議論紛紛，褒貶不一。于是，他覺得先須輿論開道，并商請鄭觀應(yīng)、梁啟超分別在《盛世危言》、《事務(wù)報(bào)》上呼吁倡導(dǎo)女學(xué)，又邀鄭觀應(yīng)、梁啟超、嚴(yán)信厚等聯(lián)名稟呈清北洋、南洋大臣要求準(zhǔn)予創(chuàng)辦女學(xué)。

　　接下來，他先稟請南北洋大臣和盛宣懷，從電報(bào)局義賑基金中撥款資助，卻遭到拒絕。為此，他決定發(fā)動(dòng)向婦女界募捐，并動(dòng)員夫人魏英帶頭認(rèn)捐開辦費(fèi)400元、常年費(fèi)60元。在經(jīng)元善夫人的垂范下，半年內(nèi)，認(rèn)捐的婦女就多達(dá)102位，共籌得開辦費(fèi)6130元。

　　辦學(xué)經(jīng)費(fèi)一經(jīng)解決，經(jīng)元善隨即擇地上海南市高昌鄉(xiāng)桂墅里，并抓緊動(dòng)工。經(jīng)過半年多時(shí)間緊張而有序的施工，新校舍終于在1898年3月落成。5月的一天，我國近代第一所女校———“中國女學(xué)堂”正式掛牌開學(xué)了。為了加強(qiáng)對學(xué)堂的管理，學(xué)堂內(nèi)設(shè)“內(nèi)董（事）”12人，禮聘捐款較多的婦女擔(dān)任，經(jīng)元善、梁啟超的夫人和康有為的長女等均為內(nèi)董，但不領(lǐng)薪水。堂中又設(shè)“外董（事）”12人，均為捐款人的兒子、丈夫和兄弟，由他們負(fù)責(zé)在外籌集資金、延聘教習(xí)和提調(diào)等。

　　《中國女學(xué)堂章程》中除規(guī)定學(xué)生先識(shí)字，次文法，次讀史志、藝術(shù)、治法、性理之書外，還規(guī)定專門之學(xué)，如算術(shù)、醫(yī)學(xué)、法學(xué)等三科，并別設(shè)師范科，講求教育童蒙之法。至年終，學(xué)生已增至40余人。此外，當(dāng)年9月中旬，又在上海城內(nèi)淘沙場增設(shè)分校，年終學(xué)生也逾20余人。

　　中國女學(xué)堂創(chuàng)立后，響應(yīng)者極多，如蘇州、松江、廣東及南洋、新加坡等處，皆陸續(xù)設(shè)立女學(xué)堂。令人扼腕的是，女學(xué)堂開設(shè)不到兩年，1900年1月，慈禧太后為徹底清除維新派勢力，逼使光緒皇帝讓位，并改元“保慶”，經(jīng)元善聞之，隨即發(fā)動(dòng)旅滬維新派人士和上海紳商各界1231人，由他領(lǐng)銜通電反對“立儲(chǔ)”（史稱“己亥立儲(chǔ)”）。后為躲避清廷對他的通緝，他率侄子經(jīng)亨頤遠(yuǎn)走澳門。由于經(jīng)費(fèi)無著，女子學(xué)堂也難逃停辦的厄運(yùn)。