1948年初，國民黨政府宣布“本屆總統(tǒng)、副總統(tǒng)候選人，由本黨同志在國民大會中得依法聯(lián)署提名參加競選?！背虧撟遭赓Y歷深、威望高，擁有兩湖民意，且治軍從政40年，門生僚屬遍全國，決定參加副總統(tǒng)競選。其親信、僚屬積極為其出謀劃策，籌組競選班子，由何成浚、賀耀祖主持，籌集助選資金一億元，趕寫了《程朱理學的研究》，以宣傳其政治主張，并組織了“民主政治會”和“憲政實施協(xié)進會”，創(chuàng)辦了《民主論壇》雜志，為其造勢。程潛也以《相期無負平生》《國家與地方》《論婦女問題》《思想與教育》為題，頻頻向社會各界發(fā)表演講，闡述其政治見解。3月29日第一屆“國大”在南京開幕，程潛等連日分別招待“國大”代表，分發(fā)其作品《養(yǎng)復園詩集》，謂之為“以文會友”。程潛的競選委員會發(fā)言人宣稱：“最后勝利必歸最不雄辯然最誠實的人?！?/span>

4月20日，“國大”主席團公告副總統(tǒng)候選人為孫科、李宗仁、程潛、于右任等6人。蔣介石希望孫科當選副總統(tǒng)，指使吳稚暉等提出“本黨同志參加正副總統(tǒng)的競選應尊重本黨意志，由黨提名”。這一做法，引起幾位候選人的強烈不滿，李宗仁乘機拉攏程潛、于右任結成“聯(lián)盟”，共同抵制這項提議。

“國大”第一、第二次副總統(tǒng)選舉投票后，李宗仁、孫科、程潛得票較多，但均不足法定票數(shù)。蔣介石為了給孫科拉選票，命賀衷寒、袁守謙二人勸程潛退出競選，將選票讓給孫科，并表示事后將啟用程潛的助選人并負責補償程的全部競選費用。程潛同李宗仁訂有“同盟”，如今雖知自己競選無望，但不甘屈從蔣的意志，不僅拒絕了蔣的要求，當晚8時，他還公開宣布：“本人已受命放棄繼續(xù)競選副總統(tǒng)”。

程潛退出競選，李宗仁跟著退選。孫科沒有了競選對象，只得也聲明放棄，“國大”被迫休會。蔣在輿論壓力下，不得不做出讓步。5日，國民黨中央常委會派人向李宗仁、孫科、程潛解釋誤會，國大主席團也派人勸李宗仁、孫科、程潛繼續(xù)參加競選。27日，李宗仁、程潛表示“一切可聽大會決定”，決定仍繼續(xù)參加競選，投票結果，李宗仁、孫科得票較多，程潛退出。

副總統(tǒng)競選后，蔣介石為對付桂系，仍需利用程潛，于是在外調白崇禧任華中“剿總”總司令的同時，又任命程潛為長沙綏靖公署主任兼湖南省政府主席，讓程潛兼軍、政兩職，統(tǒng)馭湘、贛兩省，以牽制桂系。

程潛是與共產黨人淵源頗深的國民黨將領。除林伯渠曾擔任程潛第六軍的黨代表，彭德懷曾經是程潛部的軍官，左權、陳賡等也曾經是程潛湘軍所屬學生隊的學員，值得一提的是，毛澤東在湖南新軍當兵期間，程潛是湖南督軍府的參謀部長、軍事廳長，所以毛澤東后來一直尊稱其為“老上司”。1945年8月28日，毛澤東率中共代表團赴重慶參加國共和平談判時，程潛曾親往桂園拜訪毛澤東，毛澤東也曾回訪。交談中，毛澤東曾對程潛說：“您是國民黨資深望重的元老了，應該充分發(fā)揮自己的作用，下屆行憲國大選舉時，您老可以參加副總統(tǒng)的競選嘛！競選成功了，可以為老百姓謀點利益；不成功，也沒有什么，可以回湖南去搞和平運動！”

1949年8月4日，程潛從民族大義出發(fā)，與陳明仁領銜發(fā)表湖南“和平起義通電”，使湖南免遭戰(zhàn)禍，走向歷史性轉折。