1995年，時值土地政策調(diào)整的關(guān)鍵時期，農(nóng)村家庭聯(lián)產(chǎn)承包責任制的期限問題引發(fā)激烈爭論，導致不少農(nóng)民對30年土地承包期限到期后的出路表示擔心。針對這種情況，中改院在充分調(diào)查研究的基礎(chǔ)上，1996年向中央有關(guān)部門提交了“深化農(nóng)村經(jīng)濟改革的60條建議”，提出盡快實現(xiàn)農(nóng)戶土地使用權(quán)的長期化、物權(quán)化、資本化，從制度上穩(wěn)定廣大農(nóng)民的預期。

1998年，中改院率先提出“賦予農(nóng)民長期而有保障的土地使用權(quán)”這一重要建議，引起中央領(lǐng)導的關(guān)注，時任國務院副總理溫家寶同志作了批示。此建議報告提出，要從法律上賦予農(nóng)民長期而有保障土地使用權(quán)，把農(nóng)民土地使用權(quán)納入產(chǎn)權(quán)保護范疇，使其擁有對土地使用權(quán)依法享有占有、使用、收益的權(quán)利。當時正值黨的十五屆三中全會《決定》起草期間，此建議報告被作為起草三中全會《決定》的參閱件。全會作出的《中共中央關(guān)于農(nóng)業(yè)和農(nóng)村工作若干重大問題的決定》，直接采用了這一建議。

為配合國家土地法律法規(guī)修訂，中改院在1999—2000年集中力量研究土地立法問題，建議“把土地使用權(quán)真正交給農(nóng)民”納入立法，提交了一系列“農(nóng)村土地使用權(quán)立法的建議”。這些成果被用作國家土地承包法起草的參閱件，部分內(nèi)容被直接采用。時任全國人大農(nóng)村工作委員會的主要領(lǐng)導對這些研究成果給予很高評價，三次親自帶領(lǐng)土地承包法工作小組到中改院，征求對土地立法的意見和建議。

2014年，全國政協(xié)委員、中改院院長遲福林向全國政協(xié)十二屆二次會議提交“盡快從法律上賦予農(nóng)民長期而有保障土地財產(chǎn)權(quán)的建議”提案，提出從法律上把農(nóng)民土地使用權(quán)納入產(chǎn)權(quán)保護范疇、強化農(nóng)民在征地中的主體地位等具體建議。

實現(xiàn)城鄉(xiāng)統(tǒng)籌協(xié)調(diào)發(fā)展，需要跳出“三農(nóng)”看“三農(nóng)”，把“三農(nóng)”問題放在人口城鎮(zhèn)化大格局中統(tǒng)籌解決，而人口城鎮(zhèn)化的關(guān)鍵，在于城鄉(xiāng)之間資源要素的合理流動。“讓農(nóng)民工成為歷史”是中改院多年的政策主張。中改院認為，數(shù)以億計的農(nóng)民工問題不僅關(guān)乎農(nóng)村發(fā)展，而且在很大程度上決定著城鎮(zhèn)化成敗，是統(tǒng)籌城鄉(xiāng)關(guān)系的焦點。中改院課題組在赴廣東、湖南、四川、浙江等地深入調(diào)研的基礎(chǔ)上，2010年率先提出“讓農(nóng)民工成為歷史”的政策主張，形成了一系列研究報告。近兩年，中改院又提出“以城鄉(xiāng)統(tǒng)一的居住證制度取代城鄉(xiāng)二元戶籍制度”的建議，目標就是讓傳統(tǒng)的城鄉(xiāng)二元戶籍制度退出歷史舞臺，實現(xiàn)城鄉(xiāng)居民基本權(quán)益平等化。

3. 推進政府轉(zhuǎn)型，建設公共服務型政府

中國改革的核心問題是處理好政府和市場關(guān)系。中改院一直把政府改革作為重點研究課題，在改革的不同階段，中改院都根據(jù)經(jīng)濟社會發(fā)展的現(xiàn)實情況對政府改革的客觀要求來提出有針對性的改革建議。

1996年，中改院提出政府的主要作用是提供公共產(chǎn)品和公共服務，政府改革的核心是轉(zhuǎn)變政府職能。

2003年SARS危機期間，針對危機背后隱藏的深層次體制問題，中改院率先提出從“經(jīng)濟建設型政府”向“公共服務型政府”轉(zhuǎn)型的建議：一是從優(yōu)先于經(jīng)濟目標向優(yōu)先于社會目標轉(zhuǎn)變；二是從投資型財政體制向公共服務型財政體制轉(zhuǎn)變；三是從封閉型的行政體制向公開透明的行政體制轉(zhuǎn)變；四是從行政控制型體制向依法行政型體制轉(zhuǎn)變；五是從條塊分割的行政體制向統(tǒng)一協(xié)調(diào)的行政體制轉(zhuǎn)變。其后，中改院相繼提出“政府轉(zhuǎn)型”的理念與一系列的政策建議。這些建議，對政策決策與理論研究產(chǎn)生了重大影響，逐步受到國家相關(guān)部門的重視，被決策所采納。

2007年，中改院率先提出“以基本公共服務均等化為重點調(diào)整和改革中央地方關(guān)系”的建議，盡快實現(xiàn)中央地方關(guān)系從“以經(jīng)濟總量為導向”向“以基本公共服務均等化為重點”的轉(zhuǎn)變。2012年，中改院完成中編辦委托的《走向公共服務型政府——未來5-10年深化行政管理體制改革戰(zhàn)略研究》研究報告，得到中編辦的高度評價，并經(jīng)相關(guān)領(lǐng)導同意，呈送給中央編委各領(lǐng)導參閱。